PS2 新世纪福音战士：机密档案

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《新世纪福音战士：机密档案》游戏以动画的17～24话与剧场版「Air真心为你」为基础。主角不是玩家熟悉的原作角色，而是隶属于NERV谍报部的探员剑崎恭也。故事从主角秘密运送EVA四号机到了NERV本部开始，面对恐怖份子的攻击、NERV内部暗藏的阴谋等，透过调查各个事件，逐渐解开原作中留下的种种谜团。玩家扮演的主角剑崎，在与美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之下，也逐渐产生了疑问。

「机密档案」随着游戏进行，主线会发展出三个故事：「基本路线」与TV与剧场版故事相同，玩家可以透过主角剑崎的观点，经由与EVA驾驶者与NERV其它成员的互动中，再次体验新世纪福音战士的世界观。在「主角路线」中，与美里、律子和加持曾为同窗的剑崎，发现自己也带有使徒的遗传因子，为此而苦恼着，并重新思考了自己的方向。「瞳路线」则是透过游戏里另一位新登场的原创角色，参与Dummy System和Dummy Plug开发的科学家加贺瞳的观点，在看到初号机与第14使徒的作战后，感受到的恐怖与威胁感。